3系より以前のintel系チップセットでPC6400(DDR2-800MHz)の1Gbitチップ（両面2GB,片面1GB)のメモリを公式に（フルスピードで）サポートしているものは存在しないようです。
念のためマザーボードのマニュアルを熟読した上、購入した方がよさそうです。

intel P965チップセットの表記
Supports 256-Mb, 512-Mb, and 1-Gb technologies for x8 and x16 devices (DDR2
800MHz 1Gb technology not supported)　

当初流通されたもの(BIOSrev.0803以前)でそのままメモリ800MHz設定で作動させると起動しなくなってしまう現象です。
何回もリブートを繰り返してBIOS画面まで行かない現象であるがジャンパ設定を変えクロックを戻した上でBIOSをrev.0804以上にあげることにより復旧回避できます。
参考リンク　インプレス AKIBA PC Hotline!　http://www.watch.impress.co.jp/akiba/hotline/20060715/etc_dp965lterr.html

1GBを4枚や2GBを2枚など4GB以上メモリを使用しているにもかかわらず4GB未満で認識されていることがあります。
通常疑われるメインメモリからのビデオメモリシェア分の差し引きとは違い、システム構成により引かれる量が違うためこれといった数値になりません。
使用しているデバイス、増設拡張カードにより場合によっては3GBよりも低い数値になります。
かなりのチップセットや32bitのOSで起きます。回避するにはメモリコントローラ側の対応やOS側の対応が必要です。
特にSLI等をしていると大きく減るようです。

参考リンク　ASUSTeK　http://support.asus.com/faq/faq.aspx?SLanguage=ja-jp
Microsoft　32bitと64bitOS比較　http://support.microsoft.com/kb/294418/ja
　　　　　　WindowsXPスイッチオプション　http://support.microsoft.com/kb/833721/ja
　　　　　　Windows2000スイッチオプション　http://support.microsoft.com/kb/833722/ja

2008年7月時点で現状では2Gbit品(チップ16枚で8GB)がサポートされているintel P45チップセット搭載マザーでも相性があるようです。
逆にデータシートには2Gbitのサポートが明記されていないintel P35マザーでも使用できることもあるようです。
AMD系の場合はメモリコントローラ自体は2Gbitチップをサポートしているようです。また16GBサポートのマザーの場合、Athlon X2の場合nforce系で合計10GBまで認識したというご報告があります。780GなどAMDチップセットでは全く認識しないおよび16GBすべて認識というご報告があります。またPhenomだとAthlonX2搭載時に認識できなかった16GBのメモリ容量が認識するというご報告もあります。

CPUのリビジョン、BIOSのバージョンでも挙動が違う可能性があります。また過去の例からもBIOSで認識（情報だけ表示している）してもすべての領域を必ず使えるというわけではない可能性があるかもしれませんのでご注意ください。

参考リンク
ツクモ http://shop.tsukumo.co.jp/special/080705a/
アーク http://www.ark-pc.co.jp/item/?code=11600169
※この項目は情報量が少なくまだ不確定要素が多いです。