こそ勉wiki

perl、、、ですか

2011-10-29T20:11:44+09:00

バイオの研究するんだったらperlとか出来た方が良いよーとかそんな急に言われても・・・という人用です。 -[[perl0]] まずはperlを走らそう -[[perl1]] 初めにファイルを開こう -[[perl2]] 次に配列を読み込もう -[[perl3]] 目的に合わせて解析しよう -[[perl4]] 結果を書き出そう参考にした本 #amazon(4797336803) 結城浩　「新版Perl言語プログラミングレッスン入門編」ソフトバンククリエイティブ 2006年 #amazon(487311103X) 水島洋　ら　「バイオインフォマティクスのためのPerl入門」オライリー・ジャパン　2002年

フォルダの中を一気に読み込む

2011-10-29T17:48:04+09:00

*フォルダの中を一気に読み込む wgetなんかで大量の種のゲノムを取り込んだときに、genomesフォルダの中にどんなフォルダやファイルがあるかわからない時に、とりあえず一括で処理するコマンド **例：あるフォルダの中に大量のフォルダまたはファイルがあるとき、フォルダ中のファイルの一覧を取得する。 @folder_list = (); opendir(DIR,"genomes"); while (defined($dir = readdir(DIR))){ unless($dir eq '.' || $dir eq '..'|| $dir eq '.DS_Store'){ push(@folder_list, $dir); } } closedir(DIR); この場合、genomesフォルダの中にある., .., .DS_Store以外のすべてのフォルダの名前を@folder_listに入れている。

perl

2011-10-29T17:40:36+09:00

perl -[[ファイル読み込み]] -[[fastaファイルの処理]] -[[フォルダの中を一気に読み込む]]

トップページ

2011-10-29T17:31:47+09:00

*初めにこんにちわ。こちらこそ勉wikiです。バイオインフォ？系の豆知識を中心にまとめています。このwikiはさかのぼることx年前、修士の院試を受ける時に作り始めました。んで、長い間放置していたのですが、最近作った分をまた公開し始めました。コンピューター音痴のくせにドライのラボに所属している管理人が悪戦苦闘しながら更新しています。ソフトをダウンロードしても長々と説明がしてあったり、そもそもマニュアルがコンピューターの知識がある人向けにしてあったりと、初心者に優しくないソフト共に対して「とにかく走らせるためにはどうしたらいいんじゃ」ということを中心に書いているつもりです。注意。このページは管理人が自身の忘備録として作っています。従って説明が不十分であったり、時には間違っていたりすることがあります。あくまでも参考程度に使ってください。 *コンテンツとだいたいの説明 ↓メインで更新しているもの -[[マニュアル集]] clustalやらblastやらのコマンドラインで使うソフトの使い方を書いています。細かい設定はおいといてとりあえず走らせるためにはということをコンセプトにしています。細かいことはそれぞれのマニュアルを見てください。 ↓気が向いたときに更新しているもの -[[こんぷーたー]] プログラミングのやり方とか？管理人が一から学び始めたときにつまづいた所を中心にまとめています。主にperlを更新中。 -[[こそ勉]] 勉強してったことをのせてたんだけど、教科書に書いてあることを浅い知識でまとめてドヤ顔するのがだんだん恥ずかしくなってきたのでもうあんまり更新しない予定 ******************************************** 更新履歴 - perl1のコードの一部が間違っていることに気づきました。訂正済みです &br()ごめんよ・・・ -- 管理人 (2011-10-29 16:18:08) #comment(vsize=2,nsize=20,size=40) ********************************************

xargs

2011-10-29T17:28:42+09:00

コマンドが長すぎるとおこられるみたい。そのときはxargsを使いましょう [mv] find ./ -name "ファイルの名前" -print0 | xargs -0 -I {} mv {} ./ファイルの格納先例；find ./ -name "10C2G3R0C0.001L100_1*.fas" -print0 | xargs -0 -I {} mv {} ./10C2G3R0C0.001L100 [rm] find . -name "ファイルの名前" -print0|xargs -0 rm 例；find . -name "1C2G2R0C0.01L100*B0.phy_phyml_lk.txt" -print0|xargs -0 rm

UNIX

2011-10-29T17:28:06+09:00

うにっくす -コマンドが長いと怒られたら [[xargs]]

こんぷーたー

2011-10-29T17:27:11+09:00

バイオサイエンス系のtip集て意外に見つからないですよね(;=;) バイオでいきなりperlやれとか言われて困ってる人用にページを新設しました -[[perl、、、ですか]] 忘備録のつもりです -[[C]] -[[perl]] ←tipsのつもり。一部上のものと重複 -[[UNIX]]

perl0

2011-10-29T17:11:52+09:00

まずは走らせることから始めましょ注意：macでの話をします。 ①アプリケーションフォルダの中にターミナルってあるからそれを立ち上げる。やる気があるならdocにターミナルのアイコンを移動してショートカットを作成する ②メモ帳（私は耳かきエディットを使っています。http://www.mimikaki.net/よりフリーでダウンロードできます）を立ち上げる。 ③メモ帳にとりあえず use strict; use warnings; print "hello,perl¥n"; と書く。コピペしてもよいが、¥をバックスペースにかえること。んで、hello.plという名前を付けてコンピュータのどこでもいいから保存。心配ならホームディレクトリに保存するよろし。 ④ターミナルを使ってhello.plファイルのあるところまで移動する。ホームディレクトリにファイルを保存した人はそのままでよい。移動のし方のわからない人は、とりあえずターミナルにcdって書いて、macのファインダーを開いて、hello.plのおいてあるフォルダをあける。そしてフォルダ内のファイルの一覧の枠の外側の上の方にフォルダのアイコンとフォルダの名前がでてると思うんだけど、このアイコンをターミナル上にドラッグすると、なんとそのフォルダの位置がターミナル上に表示されるので、 cd フォルダの位置て感じで表示されたらエンターキーを押す。 ④ターミナルの次の行に perl hello.pl と入力する。エンターキーを押す。 ⑤次の行にhello,perlと表示されれば成功です。このようにperlと書いた後に自分が作ったファイルの名前を書いてエンターを押すことでperlを走らせることができます。

MEGA

2011-10-29T16:19:16+09:00

MEGA3の使い方現在MEGA4が出ています。 http://evolgen.biol.metro-u.ac.jp/MEGA/ のサイト（開発者によるサイト）により詳しい使い方が紹介されていますので参照されたし。追記：2011.10.29最近はもっと新しいバージョンがでていますのでそちらをどうぞ管理人作マニュアル配列の取り込み、アライメント、アライメントした配列の編集 #ref(MEGA3man1.pdf) アライメントした配列のグルーピング、ドメイン指定 #ref(MEGA3man2.pdf) 系統樹の作成など #ref(MEGA3man3.pdf)

perl1

2011-10-29T15:56:43+09:00

まずはファイルを開く事から始めましょう適当にファイルを作ります seq1 aaaaaaaaaaaaaa seq2 bbbbbbbbbbbbbbbbb こんな感じので良いですので適当に作って&bold(){”改行コードはUNIX”※}で適当に名前をつけて保存して下さいここではseq.fasとします（本来のfastaファイルでは、配列名の前に＞がつくんだけど、このwikiだと変な風になっちゃうのでのけといた） ※Windows,Macといったその他の改行コードではうまく読み込めませんもちろん全角文字やスペースが入っていてもいけませんんで、別なファイルを使ってperlのコードを書きますここではopen.plとします最初はよく分からないと思うのでとりあえずまねして書いて下さい use strict; use warnings; my (@array); open(FILE, "seq.fas") or die "$!"; while (my $line=){ chomp $line; push(@array,$line); } close (FILE); print "@array¥n"; 書けたらターミナルに移って perl open.pl と打ち込んでエンターして下さいそしたら seq1 aaaaaaaaaaaaaa seq2 bbbbbbbbbbbbbbbbb みたいな出力が出ますこれが出たら成功ですうまく行かない場合￥（バックスペース）が悪さをしてる場合がありますコピペでうまく行かないときは自分で書き写して見て下さいそれでもうまく行かない場合は、perlには様々な書き方がありますので、別の書き方を探して試して下さい微妙な差でうまく行くときと行かないときがあります ---- コードの適当な説明最初の二行、 use strict; use warnings; は、「エラーが出た時は教えてね」という表示その次の my (@array); は@arrayっていうのを使うよ　という表示 @array perlで使う変数（コード書いている人が好きな文字や数字を当てはめる）のうちの配列というやつでいくつかの変数をそれぞれの区切り（要素）に代入できるというもの |要素１|要素２|・・・|要素n| それぞれの要素には異なる数や文字を代入できる print "@array¥n"; で@arrayの中身を表示する事が出来る（￥nは改行という意味。これがだめなときはバックスペースを使ってみてください） ---- 今回のコードでは"seq.fas"というファイルから一行ずつデータを取得し、 @arayという配列に代入している open(FILE, "seq.fas") or die "$!"; while (my $line=){ chomp $line; push(@array,$line); } close (FILE); " "の中身を変える事で、様々なファイルを読み込む事が出来るもし読み込みたいファイルがフォルダ（ここではtmpとする）に入っていた場合には open(FILE, "&bold(){./tmp/}seq.fas") or die "$!"; とするとよいまた、seq_1.fas,seq_2.fas,seq_3.fasみたいに続き番号になったファイルを次々に読み込みたい場合は use strict; use warnings; my (@array,$i,$file); for($i=1;$i<4;$i++){ $file='seq_'.$i.'.fas'; @array=(); open(FILE, $file) or die "$!"; while (my $line=){ chomp $line; push(@array,$line); } close (FILE); print "@array¥n"; } みたいにするとよい。つまり$file='seq_'.$i.'.fas';として$iだけ変数にして、forループを使ってseq_1.fas,seq_2.fas,seq_3.fas・・・・っていう風に数字をかえていき、対応するファイルを開いていく訳です。なんかコード間違ってました。ごめんなさい。毎回新しいファイルを開く前に@array配列をちゃんと初期化するんよ、2011.10.29訂正