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登場日：2008/05/28 使用可能オジャマ：全50種 コレクション要素：称号
前作では登場が遅かったことを反省したのか、稼動開始から2ヶ月後の登場。
判定の変化の問題といわれたゴールデンポップ君は廃止。
今回より称号を一定条件で獲得した範囲で自由に設定できるようになったので、お気に入りの称号を設定するなどの自由性が上がったといえる。
コレクション要素は、総合1位の回数で有用性のあるものはほとんどないので、狩り行為による影響はさらに低くなっている。
ジョブは前回細分化しすぎたことを反省して、なるべく減らしてスッキリさせている。が、思わぬ問題点があったりする。
前作と変更点は特になし。
昇格時・降格時のメッセージがほんのわずかに変わっている部分がある。
| 部屋名（クラス） | 選択可能な譜面の上限Lv | 各部屋で猛威を奮っていた主な譜面 |
| 昇格時のメッセージ | 降格時のメッセージ | |
| 神々の聖域 | 全て | |
| とうとう最終ステージにたどり着いたぞ！ さぁ神々と対決だ！ | 神の力に打ちのめされてしまった。まだまだか・・・ | |
| 天空の大陸 | 42 | |
| まさか、空に大陸が浮いているなんて！ | 天空の敵は強すぎる 一時撤退しよう | |
| 竜神の島 | 40 | パーカッシヴ2EX、ネジロックEX、ハイパーJポップ3EXなど |
| 嵐を乗り越えたどり着いた先は、竜の鳴き声のする島だった | どうやらここはただの島のようだ、一度大海原に引き返そう | |
| はるかなる大海原 | 37 | サイバーガガクH、ドラムンフライH、メルトEX、カラフルポップEXなど |
| やっと船を手に入れたぞ いざ大海原へ！ | 乗っていた船が大破！仕方がない・・・ もう一度城に戻ってやり直しだ・・・ | |
| 太陽の城 | 34 | パーカッシヴ2H |
| 時空を越えた先には、太陽の紋章が飾られた城が待ち構えていた | まだ城に入るには早すぎる、と番兵に追い返されてしまった | |
| 時空の塔 | 31 | フューチャーEX、クラシック8Hなど |
| 目の前に突然巨大な塔が現れた | 落とし穴にはまって真っ逆さま。気がついたら湖のほとりにいた | |
| 神秘の湖 | 28 | ダークメルヒェンEX |
| 森を抜けた先には、神秘的な光を放つ湖があった | 湖の魔力に迷わされてしまった様だ | |
| 不思議の森 | 24 | オイパンク0N |
| 向こうの方に森が見える あれが村の老人が言っていた不思議の森なのであろう | 暗くなってきたので森を出よう | |
| 旅立ちの丘 | 20 | ダークメルヒェンH、アフリカH、スーパーユーロN |
| 装備も整えたし、さぁ 冒険に出発だ！ | 家に忘れ物をしたようです | |
| はじまりの村 | 17 | サバービアN、クラシック4N、パンプNなど |
経験値ゲージを貯めて階級を上げる方式は変わらず。
前作で細かくなりすぎたジョブをいくつかにまとめており、特定のジョブをマスターすると新たなジョブが登場するというフロー方式に近い。
最初は見習いしか選べないが、2～3回対戦を行えばマスターまで到達する。
マスターオジャマがなくなったかと思いきや、ジョブを成長させて獲得するオジャマは、獲得したときのジョブでしか使えないという仕様になっており、幅広い戦術が取りづらくなった。
逆に相手のジョブから、使用してくるであろうオジャマを推測することができるという利点がある。
今回はポップンマンの仕様が変わったので、これによってある程度は解消できるが。
これらのジョブ名が、次回作以降のネット対戦の称号に受け継がれている。
| ジョブ名（クラス） |
特殊能力 能力の説明 |
獲得条件 | BGM |
|
ジョブ成長の流れ （★印の階級に達すると能力が強化される） |
|||
| 見習い | ＊特殊能力を持っていない。 | 初期選択可能 | 専用曲（ネット対戦モードを選択した後に流れるBGMと同じ） |
|
【見習い】→【一人前】 ＊階級の名称はマスターするまで変更がないので省略。 |
|||
| 初級ジョブ | |||
| 戦士 |
鉄壁の守り オジャマ攻撃されたときの時間がときどき短くなるぞ |
見習いをマスター | 専用 |
|
【ひよっこ戦士】→★【半人前戦士】（爆走（SPIRAL）獲得）→★【一人前戦士】（爆走（SPIRAL）獲得）→★【ベテラン戦士】（色々爆走獲得）→★【歴戦の戦士】（道連れ獲得）→【マスター戦士】（リフレクション獲得） 能力強化で効果時間と発生確率がアップ |
|||
| 魔道師 |
大いなる英知 オジャマ攻撃がときどき相手２人に飛んでいくぞ |
見習いをマスター | 専用 |
|
【魔道学校生】→★【初等魔道師】（ビートポップ君獲得）→★【中等魔道師】（しろポップ君、バラバラポップ君獲得）→★【高等魔道師】（ラブリー、ミクロポップ君獲得）→★【超魔道師】（ファットポップ君獲得）→【マスター魔道師】（色々ポップ君獲得） 能力強化で発生確率がアップ |
|||
| レンジャー |
トラップ オジャマ攻撃するとときどきオジャマゲージを減らすぞ |
見習いをマスター | 専用 |
|
【森の人】→★【森の番人】（HIDDEN獲得）→★【森の戦士】（ファット判定ライン獲得）→★【森の長】（強制ハーフスピード獲得）→★【森の王】（上下さかさま獲得）→【森の守り神】（強制Low-SPEED獲得） 能力強化でゲージを減らす量がアップ |
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| 中級ジョブ | |||
| ギャンブラー |
ギャンブル オジャマトリガーの判定によって攻撃時間が増減するぞ |
戦士をマスター | アニメヒーロー |
|
【ペーペーギャンブラー】（ランダム獲得）→★【実力派ギャンブラー】→★【炎のギャンブラー】（ロスト獲得）→★【さすらいのギャンブラー】（パニック獲得）→★【伝説のギャンブラー】（DEATH獲得）→【グレートギャンブラー】（COOL or BAD!!獲得） 能力強化で効果時間の差がアップ |
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| 精霊使い |
精霊の癒し ステージごとにオジャマゲージが少し増えるぞ |
魔道師をマスター | ピアノトロニカ |
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【妖精のおともだち】（ダーク獲得）→★【ピクシー使い】→★【エレメント使い】（地震でぐらぐら獲得）→【デビル使い】（上下プレス獲得）→★【エンジェル使い】（左右プレス獲得）→【四聖獣使い】（にせポップ君の嵐獲得） 能力強化でゲージ増加量がアップ |
|||
| 忍者 |
忍法煙玉 いろいろ隠すでござる |
レンジャーをマスター | ニンジャ卍ヒーロー |
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【初忍】（ボンバー#?獲得）→★【下忍】→【中忍】（くるくるポップ君獲得）→★【上忍】（カエルポップ君獲得）→【極忍】（縦分身獲得）→【シノビアン】（横分身獲得） 「下忍」になると装備オジャマが隠れるようになり、「上忍」になるとハリアイのアーティスト名が隠れる。 |
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| 踊り子 |
エビバディ・ダンス ダンスオジャマ攻撃するとみんなでダンスになるわよ |
ギャンブラー、精霊使い、忍者のいずれかをマスター | バトルダンス |
|
【踊り子志望】（ダンス獲得）→★【踊り子デビュー】→★【町の踊り子】（カーニバル獲得）→【バックダンサー】（ものまね獲得）→【お立ち台クイーン】（もっとふわふわ判定ライン獲得）→【トップダンサー】（バラバラスピード獲得） 能力強化でコンディション回復性能、効果時間がアップ |
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| 特殊 | |||
| ポップンマン |
オールマイティ たくさんのオジャマを装備できるぞ |
上記8種のジョブをマスター | ポップス |
|
【自称ポップンマン】（QMA獲得）→★【みんなのポップンマン】→★【世界のポップンマン】→★【宇宙のポップンマン】→★【伝説のポップンマン】→★【あなただけのポップンマン】（？色ポップ君（ナゾイロ）獲得） 能力強化で装備できるオジャマが増える。別記を参照 |
|||
【自称ポップンマン】：初級職のLv1オジャマ全て
【みんなのポップンマン】：中級職のLv1オジャマ全てが追加
【世界のポップンマン】：初級職のLv2オジャマ全てが追加
【宇宙のポップンマン】：中級職のLv2オジャマ全てが追加
【伝説のポップンマン】：初級職のLv3オジャマ全てが追加
【あなただけのポップンマン】：中級職のLv3オジャマ全てが追加→全オジャマ使用可能
初期装備で新オジャマが登場するという珍しい形である。
また、オジャミックスが初期装備として使える代わりに、前述通りジョブで獲得するお邪魔が選択したジョブでしか使えないという大きな難点があった。
また、これまで特殊な入手方法でしか獲得できなかったなぞ色がポップンマンをマスターするだけで獲得できるようになったので、プレイ回数さえ重ねれば入手が容易になった。
新登場したオジャマは太字。
「なし」「おまかせ」の項目もあるが、ここでは割愛とする。
「備考」欄はジョブ名が書かれている場合は、記載されたジョブでしか使えない（ポップンマンを除く）。
| オジャマ名 | 備考 | 使用可能な部屋の下限 |
| ミニポップ君 | 最初から所持 | |
| ドキドキポップ君 | 最初から所持 | |
| ふわふわ判定ライン | 最初から所持 | |
| HELL |
最初から所持 前作と比べてLv2→Lv1 |
|
| 爆走（SPIRAL） | 戦士 | |
| ビートポップ君 | 魔道師 | |
| しろポップ君 | 魔道師 | |
| ファットポップ君 | 魔道師 | |
| HIDDEN | レンジャー | |
| ファット判定ライン | レンジャー | |
| ロスト | ギャンブラー | |
| ダーク | 精霊使い | |
| 地震でぐらぐら | 精霊使い | |
| くるくるポップ君 | 忍者 | |
| ダンス | 踊り子 |
| オジャマ名 | 備考 | 部屋制限 |
| ズームポップ君 | 最初から所持 | |
| キャラクターポップ君 | 最初から所持 | |
| GOODがBADに！！ | 最初から所持 | |
| もっとHELL |
最初から所持 前作と比べてLv3→Lv2 |
|
| 爆走（CIRCLE） | 戦士 | |
| 道連れ | 戦士 | |
| バラバラポップ君 |
魔道師 前作と比べてLv3→Lv2 |
|
| ラブリー |
魔道師 前作と比べてLv3→Lv2 |
|
| ミクロポップ君 | 魔道師 | |
| 強制ハーフスピード | レンジャー | |
| ランダム | ギャンブラー | |
| パニック | ギャンブラー | |
| 上下プレス | 精霊使い | |
| 左右プレス | 精霊使い | |
| ボンバー | 忍者 | |
| カエルポップ君 | 忍者 | |
| 縦分身 | 忍者 | |
| カーニバル | 踊り子 | |
| ものまね | 踊り子 |
| オジャマ名 | 備考 | 使用可能な部屋の下限 |
| ポップ君の竜巻 | 最初から所持 | |
| オジャミックス | 最初から所持 | |
| 色々爆走 | 戦士 | |
| リフレクション | 戦士 | |
| 色々ポップ君 | 魔道師 | |
| 上下さかさま | レンジャー | |
| 強制Low-SPEED | レンジャー | |
| DEATH | ギャンブラー | |
| COOL or BAD!! | ギャンブラー | |
| にせポップ君の嵐 | 精霊使い | |
| 横分身 | 忍者 | |
| もっとふわふわ判定ライン | 踊り子 | |
| バラバラスピード | 踊り子 | |
| QMA | ポップンマン | |
| ？色ポップ君（ナゾイロ） | ポップンマン | |
| ツインビー | 《コナミマン》の称号を設定して対戦すると獲得 |
