ポップンミュージック内における、演奏を上手くできた度合いを示す点数のシステム。
COOL、GREAT、GOOD、BADの内、BAD以外の判定を出すことで加算されていく。
1曲当たり100000点を最高値として、全てのポップ君でCOOL判定（COOL判定が無い環境ではGREAT判定）。
ロングバージョンでは2ステージ分に伴い200000点となる。
ネット対戦では通常の100000点満点に加えてプレイ内容でボーナス点が加算される。→ボーナス点
また、エンジョイモード（イージーモード（pm20））では100点満点になる。
外伝作品を除き、これまでのスコア計算が、ポップンリズミン・ポップンミュージック ラピストリアで変更された。
特にポップンリズミンはグルーブゲージのシステムが無く、スコアがクリアの条件にかかわっているのが特徴（70000点以上）。
ボタンを押したタイミングにより加点。
通常モード時は２段階、ＣＯＯＬ判定がある時は３段階で加点される。
前者の判定あたりのスコアは
GREAT × 1 ≒ 100000 ÷ tnt~
GOOD × 1 ≒ 100000 ÷ tnt ÷ 5
BAD × 1 ＝ 0
後者同じく
COOL × 1 ≒ 100000 ÷ tnt
GREAT × 1 ≒ 100000 ÷ tnt ÷ 2
GOOD × 1 ≒ 10000 ÷ tnt ÷ 10
BAD × 1 ＝ 0
○tnt：トータルノーツ（総ノート数）
以上から、GOODはGREATの5分の1、COOL判定が伴う場合はGREATはCOOLの半分の点数と考えるといいだろう。
COOL × 1 ≒ 100000 ÷ tnt
GREAT × 1 ≒ 100000 ÷ tnt × 0.7
GOOD × 1 ≒ 10000 ÷ tnt × 0.4
BAD × 1 ＝ 0
○tnt：トータルノーツ（総ノート数）
大きな変更点は、GREAT・GOOD判定時の配点が上方修正されている。
GREAT1個＋BAD1個よりも、GOOD2つの方が（COOL1個＋BAD1個＜GREAT1個＋GOOD1個）スコアが高くなるため、ミスを減らしてでもポップ君を拾いに行く方が高くなる可能性が上がる。
COOL判定込みのスコアが付いていない譜面に対しては、スコアが高く付く可能性が高い反面、スコアを更新しようとする場合は伸び率が下がりやすい傾向となる。
ラピストリアの公式ページを見る限り、ポップンミュージック20 fantasia以降COOL判定を伴う方式に統一された影響で、高いスコアが出せずに悩まされていたプレイヤーへの配慮と、ポップン19までのチャレンジモードのスコアに近いスコアを取りやすくするための配慮と思われる。
以上の仕様変更によって、クリア重視のプレイヤーに優しくなったともいえる仕様である。
引継ぎする場合は、SunnyParkまでの記録されているスコアはそのままラピストリアに引き継がれる。
ネットワーク対戦においてはボーナス点の変更が見られず、GREAT・GOOD判定の配点上昇に伴い、小さなミスによるBADで足元をすくわれる、という可能性が上がると予想される。
特にスコアで大きく差を付けていたプレイヤーはコンボ力を高めておかないと対戦では厳しくなるだろう。
実はこのスコア計算は判定タイミングを除いて、jubeatにも採用されている方式である。
COOL1個で2点、GREAT1個で1点という計算方式となっている。
これはCOOLがbeatmaniaシリーズのJUST GREATに相当するので、beatmania・beatmaniaIIDXシリーズのエキスパートモードや「EXスコア」と同じスコア計算となっている。
