オンライン稼働しているAC版のポップンミュージックで、e-AMUSEMENT PASS（ポップン9～13まではエントリーカード）を使用することで記録される、楽曲（譜面）をクリアした証。
プレイ結果によってはフルコンボ（NO BAD）やパーフェクトのマークが付く。
選曲画面において現在のクリアマークの獲得数が一定時間表示される（シリーズによってはテンキー操作などで確認可能）。
新作を初プレイのときに、前作で使用していたe-AMUSEMENT PASSを使うことで、前作までのクリアメダル・スコアなどを引き継ぐことができる。
ネット対戦モードでは、この記録内容から選択できる部屋に制限がかかることがある。
優先順位で上から並べている。
太文字はポップンミュージック ラピストリアで加わった部分
ポプともとの得点比較で、ゲーム画面では同スコアでもクリアメダルが異なる場合、この優先順位で並びが判定される。
（eAMUSEMENTページで見れるプレーデータで、ポプともとの勝敗数は、同点でクリアメダルの違い・クリアランクの違いは影響しない）
ポップンミュージック うさぎと猫と少年の夢のみ、テーマに合わせてデザインが歯車ベースとなっていた。
| クリアの種類 | メダルの形状 | 条件 | |
| 従来 | うさねこ | ||
| パーフェクト | ★ | 歯車たくさん | GOOD・BADが0 |
| フルコンボ | ★ | 歯車たくさん | GOODが1～5 |
| ◆ | 歯車6つ | GOODが6～20 | |
| ● | 歯車3つ | GOODが21以上 | |
| クリア | ★ | 歯車たくさん | BADが1～5 |
| ◆ | 歯車6つ | BADが6～20 | |
| ● | 歯車3つ | BADが21以上 | |
| イージークリア | 若葉 | 歯車無し | ゲージタイプでEASYを選択し、BADが1以上でクリア※ |
| FAILED | ★ | 歯車たくさん | グルーブゲージのメモリが15～16 |
| ◆ | 歯車6つ | グルーブゲージのメモリが12～14 | |
| ● | 歯車3つ |
グルーブゲージのメモリが11以下 ゲージタイプでEASYを選択し、クリア失敗 |
|
このバージョンでは「ポップくんメダル」と表記されていた。マークの種類はクリア内容に関係なく1種類のみ。
EXTRA STAGEは、EXTRAゲージの残量に関係なくゲージが残ってさえいればクリアと扱われてメダルが付いていた。
同じ楽曲で複数の譜面難度をクリアした場合、ゲーム画面では上位の譜面のクリアメダルが表示されるので、下位の譜面のクリア状況を確認しづらかった。
クリア内容によるマークが細分化された。基本は羽の付いたポップくんメダルである。
| クリアの種類 | 形状 |
| クリア | 通常の羽のついたポップ君 |
| NO BAD | ヒゲが付く |
| パーフェクト | 王冠が付く |
譜面によるマークの色はポップン9と同じ。
ただし、ポップン9から引き継いだ場合、ポップン9で獲得したクリアメダルは前作の形状のままとなる。
そのため前作でNO BADやパーフェクトを取っていても、改めて獲得しなければならない。
またEXTRA STAGEのゲージ方式では、この作品からNO BAD以上を満たさなければEXTRA STAGEでクリアメダルは付かない形に変更された。
譜面の種類ごとにクリアマークの色が統一された。以降の作品のマークの色はこれで統一されている。
上記の形状を基本として、NO BADクリアでは4本の棘のようなものが、パーフェクトでは金色のギザギザが付く形となる。
マークはクリアにちなんでか、栗の形状になっている。 通常のクリアで栗1つ、NO BADクリアで栗2つ、パーフェクトで栗3つとなる。
マークの形状は通常のクリアで旗1つ、NO BADクリアで旗2つで交差、パーフェクトで王冠となる。
また、クリアできなかった譜面は、1度でもプレイすればマークが付くようになった。
形状は通常のクリアと同じだが、色が灰色となっている。
このマークはEXステージでBADを1つ以上出して完走した場合でも付く（ポップン19まで同様）。
ただし、新バージョン稼働開始初期においては、EX譜面を常駐させる際の完走とクリア失敗のマークの区別が付かないのが難。
このクリアできなかったマークは、次回作に引き継ぐと全てなくなる仕様となっている。
エンジョイモードでもクリアした楽曲を記録できるが、選曲画面でしか確認できない。
SUPER EXTRA STAGEでは、通常のクリアゲージとなっているので、通常のクリアマークも付けられる。
マークの形状は通常のクリアで星1つ、NO BADクリアで星2つ、パーフェクトクリアで王冠となる。
この作品からゲーム開始前のパスワード入力完了後に表示されるステータス画面にも、クリアマークの数（N・H・EX・5）が表示されるようになった。
マークの形状は通常のクリアでバナナ、NO BADクリアで剣が交差、パーフェクトクリアで王冠となる。
この作品からポップン17まで、ランダムコース以外のエキスパートコースにも楽曲と同じクリアマークが付くようになった。
完走すれば通常のクリアと同じ、4曲通して全てNO BADならNO BADクリアのマークが、パーフェクトならパーフェクトクリアのマークとそれぞれ同じマークが付く。
なおマークの色は、無印コースがNORMAL、HARDコースがHYPER、隠しコースがEXとそれぞれ同じ色になっている。
マークの形状は通常のクリアで丸型、NO BADクリアで菱形、パーフェクトクリアで星型となる。
また、ステータス画面では、エンジョイモードでクリアしたマークの数を確認できるようになったので、さりげなく初心者には嬉しい仕様に。
エキスパートコースのクリアマークの色は黄色で統一されている。
金・銀・銅の方式に変更され、メダルの真ん中にポップ君が描かれている方式に変更された。
ポップ君の色が譜面難易度の色と対応している。
この形状はポップンミュージック19 TUNE STREETまで続いた。
| クリアの種類 | メダルの色 | ポップ君の形状 |
| FAILED | 灰色 | 灰色 |
| クリア | 銅 | 通常 |
| NO BAD | 銀 | ヒゲが付く |
| パーフェクト | 金 | 王冠が付く |
ポプともを利用している場合は、ポプともでアクティブにしている他のプレイヤーのクリアメダルを確認できるようになった。
エキスパートコースは基本的にクリアマークの色がAC15と同じ（何故か携帯サイトではHARDコースのマークの色が青）。
ただし隠しコースは無印・HARD切り替えができるコースは、マークの色がそれぞれデフォルトで選択できるコースと同様で、HELL17はクリアマークの色が赤となる。
ステータス画面で、譜面の種類別にクリア#?・NO BAD・パーフェクトの数を確認できるようになった。
ただし、選曲画面での画面左の曲一覧のメダル表示が少し小さくなっている。
また選曲画面では右黄色を2回押すことでN・H・EXのクリアマークの種類別獲得数が表示・非表示の切り替えが可能。
このときテンキーで2を押すと選択したカテゴリでのクリアマークが、1を押すと元の全曲のクリアマークがそれぞれ表示される。
どのカテゴリが全部埋まっていないのかを確かめるにはさりげなく有効な機能だ。
ポプとも機能を使用している場合は「ポプとものスコア」⇒「クリアマーク数」⇒「OFF」とループする。
さらに、選曲画面でクリアマークが表示されている際、白ボタンでセクション切り替え可能なカテゴリにおいてテンキーの3を押すと、セクション毎（白ボタンでジャンプできる1区間）のクリアマークの数が分かるようになる。
仕様は前作と変化が無い。
この作品よりクリアマークの形状が変わり、クリアマークの種類が細かく分かれた。
パーフェクトは形状以外はそのままだが、NOBAD（フルコンボ）・クリア・未クリアが内容によって分かれる。
色はポップン19と同様に金がパーフェクト、銀がフルコンボ、銅がクリア、黒が未クリアという扱い。
上記の表のクリアメダル一覧を参照。
EXTRA STAGEはポップン19までのSUPER EXTRA STAGEと同じなので、クリアマークを付けることは可能。
EASYモード#?（旧エンジョイモード）のマーク数はステータス画面では表示されなくなった。
ポップン19から引き継いだメダルは、パーフェクトはそのまま金★になるが、フルコンボとクリアのマークは形状が全て●扱いになる。
また選曲画面では、右黄2連打で切り替えで表示される総クリア数は表示されず、デフォルトで各カテゴリ内（各セクション内）のクリアマーク数が表示されるようになった。
合計メダル数を表示させる操作が、モード選択でテンキーの「1」を入力する形になった。
譜面別の総収録曲数が表示されなくなった代わりに譜面別の、総クリアメダル数と未クリア分を含めたメダル総数が表示されるようになった。
ポップン20から引き継いだメダルは、未クリアは☆マーク、◇マークを含めて全て引き継がれない仕様となる。
ポプログでは未クリアだった場合も（マークの更新を含めて）ログとして表示されるようになった。
オプションのシステムが変更され、ゲージタイプに追加されたEASYを使用し、BADが1つでも出ている状態でクリアした場合、専用のマークが付くようになった。
優先順位は銅●と黒★の間で、上記の表のクリアメダル一覧を参照。
この作品では、未クリアのマークがラピストリアから全て引き継がれた。
テーマに合わせてか、クリアメダルの形状が歯車の形になった。
従来通り引継ぎによって未クリアのマークが消えるようになった。
メダルの形状がeclale前のような形に戻った。
公式ページ（クリアメダルに関して）
