【エクストラ（エキストラ）ステージ】
ポップンミュージック5で初登場したステージで、設定された1プレイのステージ数に加えて、条件を満たすことで1プレイに付きもう1曲プレイできるステージのこと。
チャレンジモード・超チャレンジモード・ノーマルモード（pm20-）でプレイできる。
ポップンミュージック Sunny Parkまでは、ボタン数で9ボタンを選択した上で全ステージクリアを条件に、チャレンジモード・超チャレンジモードではチャレンジポイントを特定の数値を満たすか一定値以上、ノーマルモード（pm20-）ではエクストラポイントを一定の数値以上に達すればこのステージが出現する。
ポップンミュージック ラピストリアからの作品は、PASELIのスタンダードプレーでEXTRAランプを5つ貯めた場合に進める仕様（＝5曲クリア）へと変更された。
曲数設定はポップンミュージック ラピストリアから3曲設定が最高となり、最低でも2プレイは必要になる。
ノーマルモードでのクリア以外にEXTRAランプを貯める手段が存在しないポップンミュージック うさぎと猫と少年の夢から、1ステージ分おまけでプレイできる以外にメリットが無いのが現状で、プレイ料金を払う形式次第では進出する価値が薄い。
代わりにEXTRAランプが5つ貯まった時点でそのプレイにおいて必ず進むため、ステージクリア失敗が含まれていても進めるのが利点か。
ポップンミュージック20 fantasiaまでは、このステージのみ(全解禁している場合を除いては)新曲のEX譜面が、獲得したポイントによって範囲が決まる制限はあるものの、プレイが可能になる。
基本的にポイント高ければ高いほどより難易度の高いEX譜面が出現する。
またポップンミュージック19 TUNE STREETまで、このステージ専用のEXTRAゲージとなっている。
このゲージは最初からゲージがフルの状態で始まり（ポップン5のみ除く）、ノーマルゲージのようにBADが出ると減るようなゲージの仕組みになっており、ゲージが0になるとその時点で強制終了する。
常駐の条件として、新曲のEX譜面を途中でゲージを0にすることなく最後まで演奏することが含まれる。
一度常駐条件を満たしたEX譜面は、一次解禁前まではそのLvのEXが選べる規定のポイントに満たなくてもEXステージでプレイすることが出来る。
チャレンジポイントによってはこのステージには進出しない場合があるが、基本的にどのポップンシリーズでもチャレンジポイントを125以上（※3曲設定）、165以上（※4曲設定）にすると高確率でこのステージに進む。
ポップン13から超チャレンジモードに限り、「最初から最後までオジャマ」相当の「ずっと！」状態でオジャマが2個つけられるようになり、このステージに行きやすくなったという人も少なくはない。
ゲージが通常のグルーブゲージと同じように、楽曲開始時のゲージの状態から始まる。
このため、開幕殺しの強いパワーフォーク3などでは、いきなり強制終了になるという光景が続出した。
ゲージがフルの状態から始まる仕様に変更。ここからポップン19まで基本的な仕様は変わらない。
この作品のみゲージの減りが非常に厳しかった。そのため、禅ジャズEXの開幕発狂で落ちるということも・・・
超チャレンジモードでは通常の条件の他に決められた条件を満たすことで、SUPER EXTRA STAGEに進めるようになる。
このときの条件はかなり高いチャレンジポイントを稼がなければならず、超上級クラスの難しさであった。
3曲設定で125以上がLv38まで、129以上がLv39まで、134以上がLv41まで選べる。
超チャレンジモードが必ずSUPER EXTRA STAGEに進めるようになったことで、チャレンジモードのみのステージとなった。
ラス殺し#?の強い譜面の場合はこちらのステージプレイした方が常駐しやすいこともある。
Lv41まで出現するには3曲設定でポイントが134以上も必要だった。
公式ページでも説明されているように仕様が変わり、
「筐体の設定曲数×42」以上のポイントを獲得
しなければ進めなくなったので、条件が一転して難化。
必要なチャレンジポイントが分かりやすくなった反面、初級者・中級者泣かせのシステムになってしまった感がある。
加えて救済措置のシステムが導入されたとはいえ、公式側としてはあくまでもEXステージはおまけとしての位置づけであるがゆえか。
e-AMUSEMENT PASSを使っていれば全ステージクリアしてこのステージに進めなかった場合はケーキが1段階積み上げられ、3段積みあがるとポイントが条件を満たしていなくても進めるようになった。
また、超チャレンジモードではこのケーキは出てこない。
⇒EXステージ救済システム
3曲設定だと126以上がLv36まで、128以上がLv38まで、133以上がLv39まで、139以上がLv40までとなっている。
救済システムを利用してEXステージに進んだ場合はLv36までとなる（こちらは17も同様）。
そしてLv41以上を選ぶには152ポイント以上が必要になり、前作よりも18ポイント多く稼がなければならないというのが辛いところだ。
以上からポップン16は急激にプレイヤーに求められるレベルが急上昇した。
（超）上級者にとってはそれほど影響はなく、初級者にとっては嬉しい仕様な反面、中級者には（特に28前後辺りの腕前）辛い仕様であったといえる。
プレイヤー全体のレベル上昇に伴いEXステージまでプレイする傾向が増えたことにより、チャレンジポイントが稼ぎづらい理由から、お邪魔Hsを使わないと譜面が見づらい低速譜面や、レベルが低い曲を敬遠されやすいこともあるとかないとか。
Lv37以上の譜面を選ぶために最低必要なポイントのボーダーラインがそれぞれ、Lv37は132以上、Lv38は137以上、Lv39は142以上、Lv40は147以上とそれぞれ引き上げられたため、安定してポイントを稼ぐ実力がないと通常チャレンジで高レベルの譜面をEXステージで出現させるのは難しい。
幸い、Lv41は前作と同じく152以上である。
（＊いずれも3曲設定の場合）
IR対象にLv37のEXがある（和算テクノ）ため、チャレンジポイントを最低132は出せないと厳しい。
EXステージ進出条件のポイントを満たさず3回全ステージクリアした場合で出現するシステムがなくなった。
代わりに持ち越しチャレンジポイントの登場により、e-AMUSEMENT PASSを使えばポイントを持ち越すことで誰でもEXステージに進みやすくなった。
中級者～上級者には厳しい仕様だったと思われる救済システムが改善されたと言える。
その分、ノルマを設定してポイントを稼ぐ力が求められるようになっている。
特に常駐の際に高難易度のEX譜面をプレイする場合において、一旦チャレンジポイントを持ち越すことで次のプレイで多く稼いで出す、という方法も使える。
総合リザルトにおいて、チャレンジモードにおけるこのステージのスコアがトータルスコアに加算されているという謎の仕様があった。
各ステージのスコアをメモしておき合計スコアをメモしておけば、逆算からEXステージのスコアを出すことができるが。
また、ネット対戦モードのボスバトルがこのステージとして扱われている（19も同様）。
そのため、クリアマークを付けるもしくは更新する場合はNO BAD以上でのクリアが必要だった。
それ以外の詳細はボスバトルを参照。
総合リザルトのトータルスコアにおいてEXステージの分も加算される不具合は改善された。
また、EXステージ用のゲージが3分の2以下になると、ゲージの枠部分が通常のゲージと同じく青くなるという不具合があったが、これは稼動途中で早期に修正された。
ノーマルモードで、「設定曲数×650」以上のエクストラポイントを獲得して出現するステージとなった。
プレイするだけで自然とEXステージに進出するためのポイントが加算されていくため、あまりポイント稼ぎの意識はしなくてもよくなった。
ただし、高レベル譜面とスコア・コンボ・BAD数関連ノルマでポイントを稼いでEXステージに進めていたプレイヤーには少々厳しい仕様になったのが辛い。
しかしEXステージには進みやすくなったと言えるので、2回に1回は進めると考えて、ある程度は割り切る必要もあるかも。
持ち越しの際はどれだけポイントを持ち越すかを表示するようになった。
名称はそのままだが、メインのモードがCOOL判定方式に統一されたことにより、中身が超チャレンジモードのSUPER EXTRA STAGEと同じになった。
違いとして他のステージと同じくオジャマを設定できるので、難易度の高いオジャマの練習にも向いている。
このステージではネットワーク対戦のカテゴリは出現せず、選択できない。
曲数設定により、このステージに進むための1ステージ平均でのエクストラポイントが変わっている。
2曲設定では1300以上（平均650）、3曲設定では2100以上（平均700）、4曲設定では3000以上（平均750）。
基本的に前作と同じだが、このステージでもネットワーク対戦ができるようになった。
当然ながらネットワーク対戦用のフォルダもある。
この作品から、
PASELIプレイ専用のシステム
として変更された。
「EXTRAランプ」という形で、「EXTRA」の文字を1曲クリアするごとに1文字ずつ点灯し、5文字全て点灯した場合に進める。
バトルモードおよびローカルモードでも、条件を満たした場合は進めるようになった。
この作品と次作のみ、5つ点灯した時点でプレイを開始した場合、全ステージクリアできなくても進める。
このステージではポップンオーラが最大になり、隠し曲、隠し譜面をプレーしてもオーラが減らないといった特典があった。
システムはポップンミュージック ラピストリアと同様だが、2016/03/17から支払い方式が追加されたため、設定曲数＋特典（プレゼントマークが付いている）のスタンダードプレーをした場合のみ対象となる。
また、この作品のみスターファクトリーで1プレイに1度「EXTRAランプ1個」が購入できた（120ルミナ消費）。
各バージョン特有のシステムがないことを除けば、ラピストリアと同じ。
以降のバージョンも同様。
チャレンジモード
超チャレンジモード
ノーマルモード（pm20-）
チャレンジポイント
エクストラポイント
SUPER EXTRA STAGE
持ち越しチャレンジポイント
持ち越しエクストラポイント
