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Matlab起動時に開くフォルダを変更したい。

MATLAB起動時に作業するフォルダ(カレントディレクトリ)を指定するにはショートカットを右クリックで開けるプロパティからショートカットのタブを選択、作業フォルダに目的のフォルダを指定してあげると良い。
http://www.mathworks.co.jp/support/solutions/ja/data/1-9GCCVF/index.html?solution=1-9GCCVF