| ■上場■ | 7社 |
| ＜2003年９月１日＞ | |
| 株式会社三越 | （2008年３月26日廃止＝株式会社三越伊勢丹ホールディングスに株式移転） |
| ＜2003年９月12日＞ | |
| ＮＥＣシステムテクノロジー株式会社 | （2005年５月26日廃止＝日本電気株式会社と株式交換） |
| ＜2003年９月26日＞ | |
| 株式会社ほくぎんフィナンシャルグループ | |
| ＜2003年９月29日＞ | |
| アルフレッサホールディングス株式会社 | |
| コムシスホールディングス株式会社 | |
| ナブテスコ株式会社 | |
| 宮地エンジニアリンググループ株式会社 | |
| ■２部から所属変更（※はマザーズから）■ | 5社 |
| ＜2003年９月１日＞ | |
| 株式会社シンニッタン | |
| 株式会社タイトー | |
| 株式会社ユーエスシー | （2009年９月25日廃止＝株式会社ＵＫＣホールディングスに株式移転） |
| 株式会社近鉄エクスプレス | |
| 株式会社日立モバイル | （2006年３月28日廃止＝株式会社日立製作所と株式交換） |
| ■２部に指定替え■ | 0社 |
| ■上場廃止■ | 12社 |
| 2003年９月19日 | 株式会社北陸銀行＝＜移転・株式会社ほくぎんフィナンシャルグループへ＞ |
| 2003年９月22日 | 福神株式会社＝＜移転・アルフレッサホールディングス株式会社へ＞ |
| 2003年９月22日 | 株式会社アズウェル＝＜移転・アルフレッサホールディングス株式会社へ＞ |
| 2003年９月22日 | 日本コムシス株式会社＝＜移転・コムシスホールディングス株式会社へ＞ |
| 2003年９月22日 | 株式会社三和エレック＝＜移転・コムシスホールディングス株式会社へ＞ |
| 2003年９月22日 | 株式会社ナブコ＝＜移転・ナブテスコ株式会社へ＞ |
| 2003年９月22日 | 帝人製機株式会社＝＜移転・ナブテスコ株式会社へ＞ |
| 2003年９月22日 | 株式会社宮地鐵工所＝＜移転・宮地エンジニアリンググループ株式会社へ＞ |
| 2003年９月25日 | 株式会社アマダマシニックス＝＜合併・アマダ株式会社へ＞ |
| 2003年９月25日 | 株式会社メルコ＝＜交換・株式会社メルコホールディングスへ＞ |
| 2003年９月25日 | 株式会社間組＝＜倒産＞ |
| 2003年９月25日 | 東急建設株式会社 |
| ■■2003年９月末上場企業■■ | 1523社 |
