amplify - こそ勉wiki

Amplify 3X　071120

amplifyはPCRやシークエンス用に作成したプライマーの性能を物理的性質に従ってシミュレーションするものです。
これによりダイマーのできやすさなどを調べることができます。
macOSXで走ります

入手

http://engels.genetics.wisc.edu/amplify/
のサイトで入手することができます。
解凍されたファイルを指示に従ってアプリケーションフォルダにコピーしてください

ターゲット配列の入力

File→newをクリックすると、

のようなウィンドウ配列が現れます（ターゲット配列を入力するフォーム）
ここに増やしたい配列をコピーします

プライマー配列の入力

また、window→primer listをクリックすると

のようなウィンドウ（デフォルトではたくさんのプライマー配列が入力されている）が現れます。
これにプライマーの配列を入力していきます
このプライマーリスト上部にある"add row"をクリックすると空の列が現れますので、ここにプライマー配列を入力します

次に入力した配列と同じ行にあるnameの列をクリックすると、プライマーの名前を入力することができます

なにか特記事項のある際はその右側の欄に記入します

増幅シミュレーション

プライマーリストにある配列のうち、増幅を試してみたいプライマーセットにチェックをつけます

PCR→amplifyをクリックします
PCRのときの条件を聞いてくるので、適当であればOkeyをクリックします

ダイマーができるようであれば

のような警告が出ますので、参照する際はYes、無視する場合はNoをクリックします
result windowに想定されるダイマー、amplification3 windowにターゲット配列のうち想定される増幅領域が示されます