fastaファイルの処理 - こそ勉wiki

fastaファイルの処理

open(FILE, 'filename.fas') or die "$!";
while (my $line=<FILE>){
	chomp $line;
	push(@array,$line);
	}
close (FILE);

fastaファイルを読み込んだときは
$array[0]=　>配列名
$array[1]=　DNA配列
$array[2]=　DNA配列
　　：　　　　：
となっているので、何か解析をしたいときにはgrepを使ってDNA配列とそれ以外を分ける必要がある
下の例では正規表現をつかって前方が英数字と一致するもののみを抜き出し、seq配列に格納している

my @seq=(); #配列の初期化
@seq=grep(/^¥w/,@array);

または、ハッシュに配列名（キー）、DNA配列（値）として与えても良い

$length=@array;
my %hash=();

for($i=0; $i<$length/2; $i++){
	$hash{"$array[2*$i]"}="$array[2*$i+1]";
}