blastをコマンドラインで走らせる
用意するもの
blast
データベース中の配列と相同性があるかを検索したいファイル
データベースファイル（fasta形式）
相同性があるかを調べたい配列のリスト。
この配列を用いてデータベースを作成し、queryファイルに対して相同性検索を行う
データベースは自前で用意する事も出来るし、web上のもの使う事が出来る
①データベースファイルを整形してデータベースを作る
./formatdb -i データベースファイル -n データベース名（好きに決めて良い） -p T
”-p” 核酸データのときはF、アミノ酸データのときはTを入れる
②作ったデータベースを用いて相同性検索を行う
./blastall -p blastn -d データベース名（webまたは①で作ったもの） -i queryファイル名 -e e値の上限 -m 0 -o 出力ファイル名（好きに決めて良い）
”-p” blastn（核酸）またはblastp（アミノ酸）
”-m” 結果の表示に関わるオプション
デフォルトは０
アライメントの結果を表示したくない場合は8または９にする
（この二つは結果をテーブルで表示してくれる）
８だと各欄が何か分からないので初心者は９推奨
もしゲノム中に特定の配列があるかを調べたいときは、ゲノム配列がデータベース、特定の配列がqueryになる
最終更新：2009年11月06日 19:04
