wget - こそ勉wiki

wgetでファイルを一括ダウンロード

今のマシン環境　mac OS10.5
wgetのバージョン　wget-1.10.2

http://ftp.gnu.org/gnu/wget/からソースをゲット
フォルダを展開してそのフォルダ内に移動
①./configure
②make
③make installでOK
うまく行かない場合はsudoをつけてやってみて

④実行ファイルがsrcフォルダの中にあるから、新しいフォルダの中にコピーするなりそのまま使うなりする

データのダウンロード
NCBIからゲノムの情報を一括で取ってきたい場合とか

wget オプション URL

基本的なコマンドはこちらhttp://bioinfo-goto.seesaa.net/article/1733498.htmlを参照されたし

拡張子を指定して（fnaファイルだけとか）ファイルの取得を行いたい場合

wget -r -np --wait=10 --no-host-directories -A 取得したいファイルの拡張子１,取得したいファイルの拡張子２ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/

wgetではURLで指定したフォルダ以下の階層にあるファイルを全部取ってくる
従って、例えばバクテリアの塩基配列（fnaファイル）とORF毎に区切った塩基配列（gffファイル）のみを落としたいときは

wget -r -np --wait=10 --no-host-directories -A fna,gff ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/

とする

フォルダの階層構造は、NCBIのデータベース上のものがそのまま復元される

参考にしたサイト
wgetの使い方　http://tech.bayashi.net/svr/doc/wget.html
それゆけバイオインフォマティクス　http://bioinfo-goto.seesaa.net/