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「clustal X」(2007/11/20 (火) 16:33:08) の最新版変更点
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*clustal X の使い方 071120
clustal Wはアライメントを行うソフトです。
Wはコマンドラインで動くもので、Xはそれをインターフェィス化したものです。
バージョンが新しくなってかっこ良くなりました。
上であげたMEGAにclustal W が入っている上、clustal X単体では作成したtreeを見たり、
配列を編集したりする機能が劣るため、個人的にはMEGAやbioeditみたいな
いろいろできるソフトを使えるようになった方が便利だと考えていますが、
とりあえずwindows環境が無いなどの理由で使い方を教えてくれという要請があったためマニュアルを作成しました。
つまりmac版の説明になります。
**入手法
このサイトで入手できます
http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/
↑のトップページ中の
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2をクリックするとftpサイトが開きます
#ref(clus1.jpg)
今回欲しいのはmac版のclustalXなので”clustalx-mac-universal-2.0.gz”ファイルを自分のデスクトップにドラッグ＆ドロップします。
デスクトップ上でダブルクリックすると解凍されます。解凍ソフトは各自入手してください。
ファイルのダウンロードが終了したらftpサイトとの接続を解除してください。
（clustal w2のアイコンをゴミ箱に入れると解除されます）
するとデスクトップ上に&ref(clus2.png)というアイコンが表示されます。
これでダウンロードはおしまい。
**起動＆アライメント
アイコンをダブルクリックするとclustal Xが立ち上がります
#ref(clus3.png)
-ファイルの入力
fasta形式のファイルを読み込むことができます。
（注）改行コードがUNIXのものしか正確に読み込めませんので、miなどを使って改行コードをmacからunixに変えておいてください。
メニューバーのFileをクリックするとタブが開きますのでその中の”Load sequence”をクリック。
すると読み込むファイルを選ぶことができますので、ファイルを選んで”open”をクリックしてください。
#ref(clus4.png)
配列が正確に読み込まれたら、メニューバーのAlignmentをクリック、
#ref(clus5.png)
出てきたタブ内のdo complete alignmentをクリックすると
このような表示が出ますが、
#ref(clus6.png)
これはアライメント結果のファイルをどこに保存するか聞いているので、
とくに希望が無ければそのままOKをクリックするとアライメントが開始されます
アライメントが終了すると、画面の左下に”CLUSTAL-Alignment file created [ （あとはファイルの場所が書かれているので略）”という表示が出ます。
#ref(clus7.png)
これでアライメントは終了です。
ちなみに、アライメントをするときに特に指定をしなければ、もとのfastaファイルと同じフォルダに
”ファイル名.aln”と”ファイル名.dnd”という二つのファイルが保存されています。
alnファイルは&ref(clus8.png)のようになっており、配列どうしをサイト毎にアライメントし、
全ての配列で塩基の状態が同じサイトには＊がついているので後で多型サイトの場所を確かめたいとき等に便利です
** treeの作成
メニューバーのtreeをクリックして開くタブのうち、"Drow tree"で普通のtree（デフォルトではNJtreeですがUPGMAも使えるようです）,
"Bootstrap NJ tree"で、ブートストラップのtreeを作ることができます。
できたファイルの拡張子は"Drow tree"でtreeを作った場合はファイル名.ph、"Bootstrap NJ tree"で作った場合はァイル名.phbとなります。
しかし、作ったtreeを系統樹の形でみることはできないので、
treeviewなどのソフトを使う必要があります。
**tree viewを使ってtreeをみる
OSX用のtreeviewはこのサイトからダウンロードできます
http://darwin.zoology.gla.ac.uk/%7Erpage/treeviewx/download.html
DL、解凍方法はだいたい上とおんなじなので省略。
アイコンをダブルクリックしたらソフトが立ち上がります。File→openで読み込みたいファイルを選びます。
そのとき
#ref(tv1.png)
のようにファイルの種類を選ぶ必要があります。今回はclustalXで作ったphbファイルなので該当するものを選ぶと
一気にtreeを作ってくれます。
でもtreeの形もあんまり変えられないし何しろ外群が指定できないのであんまりお進めしません。
作ったtreeを画像として保存するためには
File → Save as pictureを選択するとイラストレーター等で直接編集できる形式で保存されます
*clustal X の使い方 071120
clustal Wはアライメントを行うソフトです。
Wはコマンドラインで動くもので、Xはそれをインターフェィス化したものです。
バージョンが新しくなってかっこ良くなりました。
上であげたMEGAにclustal W が入っている上、clustal X単体では作成したtreeを見たり、
配列を編集したりする機能が劣るため、個人的にはMEGAやbioeditみたいな
いろいろできるソフトを使えるようになった方が便利だと考えていますが、
とりあえずwindows環境が無いなどの理由で使い方を教えてくれという要請があったためマニュアルを作成しました。
つまりmac版の説明になります。
**入手法
このサイトで入手できます
http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/
↑のトップページ中の
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2をクリックするとftpサイトが開きます
#ref(clus1.jpg)
今回欲しいのはmac版のclustalXなので”clustalx-mac-universal-2.0.gz”ファイルを自分のデスクトップにドラッグ＆ドロップします。
デスクトップ上でダブルクリックすると解凍されます。解凍ソフトは各自入手してください。
ファイルのダウンロードが終了したらftpサイトとの接続を解除してください。
（clustal w2のアイコンをゴミ箱に入れると解除されます）
するとデスクトップ上に&ref(clus2.png)というアイコンが表示されます。
これでダウンロードはおしまい。
**起動＆アライメント
アイコンをダブルクリックするとclustal Xが立ち上がります
#ref(clus3.png)
-ファイルの入力
fasta形式のファイルを読み込むことができます。
（注）改行コードがUNIXのものしか正確に読み込めませんので、miなどを使って改行コードをmacからunixに変えておいてください。
メニューバーのFileをクリックするとタブが開きますのでその中の”Load sequence”をクリック。
すると読み込むファイルを選ぶことができますので、ファイルを選んで”open”をクリックしてください。
#ref(clus4.png)
配列が正確に読み込まれたら、メニューバーのAlignmentをクリック、
#ref(clus5.png)
出てきたタブ内のdo complete alignmentをクリックすると
このような表示が出ますが、
#ref(clus6.png)
これはアライメント結果のファイルをどこに保存するか聞いているので、
とくに希望が無ければそのままOKをクリックするとアライメントが開始されます
アライメントが終了すると、画面の左下に”CLUSTAL-Alignment file created [ （あとはファイルの場所が書かれているので略）”という表示が出ます。
#ref(clus7.png)
これでアライメントは終了です。
ちなみに、アライメントをするときに特に指定をしなければ、もとのfastaファイルと同じフォルダに
”ファイル名.aln”と”ファイル名.dnd”という二つのファイルが保存されています。
alnファイルは&ref(clus8.png)のようになっており、配列どうしをサイト毎にアライメントし、
全ての配列で塩基の状態が同じサイトには＊がついているので後で多型サイトの場所を確かめたいとき等に便利です
** treeの作成
メニューバーのtreeをクリックして開くタブのうち、"Drow tree"で普通のtree（デフォルトではNJtreeですがUPGMAも使えるようです）,
"Bootstrap NJ tree"で、ブートストラップのtreeを作ることができます。
"Bootstrap NJ tree"を選んだ場合以下の表示が出ます
#ref(clus9.png)
それぞれ乱数のseed、ブートストラップの回数、できたファイルの保存場所なので適当に指定して、OKを押せばtreeが作られます。
できたファイルの拡張子は"Drow tree"でtreeを作った場合はファイル名.ph、"Bootstrap NJ tree"で作った場合はァイル名.phbとなります。
しかし、作ったtreeを系統樹の形でみることはできないので、
treeviewなどのソフトを使う必要があります。
**tree viewを使ってtreeをみる
OSX用のtreeviewはこのサイトからダウンロードできます
http://darwin.zoology.gla.ac.uk/%7Erpage/treeviewx/download.html
DL、解凍方法はだいたい上とおんなじなので省略。
アイコンをダブルクリックしたらソフトが立ち上がります。File→openで読み込みたいファイルを選びます。
そのとき
#ref(tv1.png)
のようにファイルの種類を選ぶ必要があります。今回はclustalXで作ったphbファイルなので該当するものを選ぶと
一気にtreeを作ってくれます。
でもtreeの形もあんまり変えられないし何しろ外群が指定できないのであんまりお進めしません。
作ったtreeを画像として保存するためには
File → Save as pictureを選択するとイラストレーター等で直接編集できる形式で保存されます
