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「amplify」(2007/11/20 (火) 18:37:28) の最新版変更点
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*Amplify 3X 071120
amplifyはPCRやシークエンス用に作成したプライマーの性能を物理的性質に従ってシミュレーションするものです。
これによりダイマーのできやすさなどを調べることができます。
macOSXで走ります
**入手
http://engels.genetics.wisc.edu/amplify/
のサイトで入手することができます。
解凍されたファイルを指示に従ってアプリケーションフォルダにコピーしてください
**ターゲット配列の入力
File→newをクリックすると、
#ref(amp1.png)
のようなウィンドウ配列が現れます（ターゲット配列を入力するフォーム）
ここに増やしたい配列をコピーします
**プライマー配列の入力
また、window→primer listをクリックすると
#ref(amp2.png)
のようなウィンドウ（デフォルトではたくさんのプライマー配列が入力されている）が現れます。
これにプライマーの配列を入力していきます
このプライマーリスト上部にある"add row"をクリックすると空の列が現れますので、ここにプライマー配列を入力します
#ref(amp3.png)
次に入力した配列と同じ行にあるnameの列をクリックすると、プライマーの名前を入力することができます
#ref(amp4.png)
なにか特記事項のある際はその右側の欄に記入します
**増幅シミュレーション
プライマーリストにある配列のうち、増幅を試してみたいプライマーセットにチェックをつけます
#ref(amp5.png)
PCR→amplifyをクリックします
PCRのときの条件を聞いてくるので、適当であればOkeyをクリックします
#ref(amp6.png)
ダイマーができるようであれば
#ref(amp7.png)
のような警告が出ますので、参照する際はYes、無視する場合はNoをクリックします
result windowに想定されるダイマー、amplification3 windowにターゲット配列のうち想定される増幅領域が示されます
*Amplify 3X 071120
amplifyはPCRやシークエンス用に作成したプライマーの性能を物理的性質に従ってシミュレーションするものです。
これによりダイマーのできやすさなどを調べることができます。
macOSXで走ります
**入手
http://engels.genetics.wisc.edu/amplify/
のサイトで入手することができます。
解凍されたファイルを指示に従ってアプリケーションフォルダにコピーしてください
**ターゲット配列の入力
File→newをクリックすると、
#ref(amp2.png)
のようなウィンドウ配列が現れます（ターゲット配列を入力するフォーム）
ここに増やしたい配列をコピーします
**プライマー配列の入力
また、window→primer listをクリックすると
#ref(amp1.png)
のようなウィンドウ（デフォルトではたくさんのプライマー配列が入力されている）が現れます。
これにプライマーの配列を入力していきます
このプライマーリスト上部にある"add row"をクリックすると空の列が現れますので、ここにプライマー配列を入力します
#ref(amp3.png)
次に入力した配列と同じ行にあるnameの列をクリックすると、プライマーの名前を入力することができます
#ref(amp4.png)
なにか特記事項のある際はその右側の欄に記入します
**増幅シミュレーション
プライマーリストにある配列のうち、増幅を試してみたいプライマーセットにチェックをつけます
#ref(amp5.png)
PCR→amplifyをクリックします
PCRのときの条件を聞いてくるので、適当であればOkeyをクリックします
#ref(amp6.png)
ダイマーができるようであれば
#ref(amp7.png)
のような警告が出ますので、参照する際はYes、無視する場合はNoをクリックします
result windowに想定されるダイマー、amplification3 windowにターゲット配列のうち想定される増幅領域が示されます
