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「blast」(2009/11/06 (金) 19:04:54) の最新版変更点

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blastをコマンドラインで走らせる

用意するもの
blast
・queryファイル（fasta形式）
データベース中の配列と相同性があるかを検索したいファイル


・データベースの配列
データベースファイル（fasta形式）
相同性があるかを調べたい配列のリスト。
この配列を用いてデータベースを作成し、queryファイルに対して相同性検索を行う
データベースは自前で用意する事も出来るし、web上のもの使う事が出来る

①データベースファイルを整形してデータベースを作る
	./formatdb -i データベースファイル -n データベース名（好きに決めて良い） -p T
　”-p”　核酸データのときはF、アミノ酸データのときはTを入れる

②作ったデータベースを用いて相同性検索を行う
	./blastall -p blastn -d データベース名（webまたは①で作ったもの） -i queryファイル名 -e e値の上限 -o 出力ファイル名（好きに決めて良い）
　”-p” blastn（核酸）またはblastp（アミノ酸）

blastをコマンドラインで走らせる

用意するもの
blast
・queryファイル（fasta形式）
データベース中の配列と相同性があるかを検索したいファイル


・データベースの配列
データベースファイル（fasta形式）
相同性があるかを調べたい配列のリスト。
この配列を用いてデータベースを作成し、queryファイルに対して相同性検索を行う
データベースは自前で用意する事も出来るし、web上のもの使う事が出来る

①データベースファイルを整形してデータベースを作る
	./formatdb -i データベースファイル -n データベース名（好きに決めて良い） -p T
　”-p”　核酸データのときはF、アミノ酸データのときはTを入れる

②作ったデータベースを用いて相同性検索を行う
	./blastall -p blastn -d データベース名（webまたは①で作ったもの） -i queryファイル名 -e e値の上限 -m 0 -o 出力ファイル名（好きに決めて良い）
　”-p” blastn（核酸）またはblastp（アミノ酸）
　”-m” 結果の表示に関わるオプション
　　　デフォルトは０
　　　アライメントの結果を表示したくない場合は8または９にする
　　　（この二つは結果をテーブルで表示してくれる）
　　　８だと各欄が何か分からないので初心者は９推奨
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もしゲノム中に特定の配列があるかを調べたいときは、ゲノム配列がデータベース、特定の配列がqueryになる