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wgetでファイルを一括ダウンロード 今のマシン環境 mac OS10.5 wgetのバージョン wget-1.10.2 http://ftp.gnu.org/gnu/wget/からソースをゲット フォルダを展開してそのフォルダ内に移動 ①./configure ②make ③make installでOK うまく行かない場合はsudoをつけてやってみて データのダウンロード NCBIからゲノムの情報を一括で取ってきたい場合とか >wget オプション URL 基本的なコマンドはこちらhttp://bioinfo-goto.seesaa.net/article/1733498.htmlを参照されたし 拡張子を指定して(fnaファイルだけとか)ファイルの取得を行いたい場合 >wget -r -np --wait=10 --no-host-directories -A 取得したいファイルの拡張子1,取得したいファイルの拡張子2 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/ wgetではURLで指定したフォルダ以下の階層にあるファイルを全部取ってくる 従って、例えばバクテリアの塩基配列(fnaファイル)とORF毎に区切った塩基配列(gffファイル)のみを落としたいときは >wget -r -np --wait=10 --no-host-directories -A fna,gff ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/ とする フォルダの階層構造は、NCBIのデータベース上のものがそのまま復元される 参考にしたサイト wgetの使い方 http://tech.bayashi.net/svr/doc/wget.html それゆけバイオインフォマティクス http://bioinfo-goto.seesaa.net/
wgetでファイルを一括ダウンロード 今のマシン環境 mac OS10.5 wgetのバージョン wget-1.10.2 http://ftp.gnu.org/gnu/wget/からソースをゲット フォルダを展開してそのフォルダ内に移動 ①./configure ②make ③make installでOK うまく行かない場合はsudoをつけてやってみて ④実行ファイルがsrcフォルダの中にあるから、新しいフォルダの中にコピーするなりそのまま使うなりする データのダウンロード NCBIからゲノムの情報を一括で取ってきたい場合とか >wget オプション URL 基本的なコマンドはこちらhttp://bioinfo-goto.seesaa.net/article/1733498.htmlを参照されたし 拡張子を指定して(fnaファイルだけとか)ファイルの取得を行いたい場合 >wget -r -np --wait=10 --no-host-directories -A 取得したいファイルの拡張子1,取得したいファイルの拡張子2 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/ wgetではURLで指定したフォルダ以下の階層にあるファイルを全部取ってくる 従って、例えばバクテリアの塩基配列(fnaファイル)とORF毎に区切った塩基配列(gffファイル)のみを落としたいときは >wget -r -np --wait=10 --no-host-directories -A fna,gff ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/ とする フォルダの階層構造は、NCBIのデータベース上のものがそのまま復元される 参考にしたサイト wgetの使い方 http://tech.bayashi.net/svr/doc/wget.html それゆけバイオインフォマティクス http://bioinfo-goto.seesaa.net/

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