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HMMER



HMMERは、隠れマルコフモデルを使って目的の配列中に特定のドメイン構造があるかどうかを調べてくれるソフトです。

インストール、使い方などは至極簡単で、
基本はマニュアルに従えば良しです。

とりあえずマニュアルに従ってインストールします

インストールできたら、用意するもの

  • 実際にドメイン構造を調べたいアミノ酸配列のデータ(複数個でもOKだが、アミノ酸配列である事が必要。 fas形式でOK 改行コードはUNIX)
  • ドメイン構造のシードファイル(同じくfas形式でOK 改行コードはUNIX)

これらをhmmerフォルダの中のsrcフォルダに移動させます。
んで、ターミナルか何かで自分もsrcフォルダの中に移動します。
まずはシードファイルをもとにモデルをたてます。

hmmer-2.3.2/src yotako$ hmmbuild モデルのデータファイル名 シード ファイル名
モデルのデータファイル名は自分で好きに決めてください

次にたてたモデルのキャリブレーションを行います
hmmer-2.3.2/src yotako$ hmmcalibrate モデルのデータファイル名

モデルのデータファイル名は先にbuildしたやつと同じ名前です

これでモデルの調整が終わりました。それではいざアミノ酸配列に対してhmmでドメイン構造をサーチします
hmmer-2.3.2/src yotako$ hmmsearch モデルのデータファイル名 ドメイン構造を調べたいアミノ酸配列ファイル

これだと結果がターミナル上にガーッと出てきてしまうので、
hmmer-2.3.2/src yotako$ hmmsearch モデルのデータファイル名 ドメイン構造を調べたいアミノ酸配列ファイル > 結果ファイル
好きな名前をつけた結果ファイルに出力を格納するとよし。

アミノ酸配列に対して調べたいドメイン構造が2つ以上ある場合

モデルのデータファイルを集めたファイルを作ると良し。
マニュアルには二通りの方法が書いてあるけどとりあえず1つを紹介しておくと、
hmmer-2.3.2/src yotako$ hmmbuild モデルのデータファイル名1 シード ファイル名1
hmmer-2.3.2/src yotako$ hmmbuild モデルのデータファイル名2 シード ファイル名2
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hmmer-2.3.2/src yotako$ cat モデルのデータファイル名1 モデルのデータファイル名2 ... > モデルセット名
hmmer-2.3.2/src yotako$ hmmcalibrate モデルセット名
hmmer-2.3.2/src yotako$ hmmpfam モデルセット名 ドメイン構造を調べたいアミノ酸配列ファイル > 結果ファイル

モデルセット名は自分で勝手に決めてよい
いったんモデルセットを作ってから、まとめてキャリブレーションを行っている。
HMMのサーチをする時のコマンドがhmmpfamになっている点に注意