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phymlはDNAやアミノ酸配列のアライメントを使っていろいろなモデルで最尤treeをつくるソフトですよって
コマンドラインでいけますよ

./phyml ①配列ファイル名 ②データタイプ ③配列のフォーマット ④データセット数 ⑤ブートストラップデータセットの数 
⑥置換モデル ⑦ts/tv比 ⑧invariable siteの割合 ⑨置換率のカテゴリーの数 ⑩ガンマ分布のshape parameter ⑪初期tree 
⑫optimise topology⑬optimise branch lengths and rate parameters 

例(DNA)./phyml seqs1 0 i 2 0 HKY 4.0 e 1 1.0 BIONJ y y
例(AA)   ./phyml seqs2 1 i 1 0 JTT 0.0 4 1.0 BIONJ n n

①配列ファイル
PHYLIPフォーマット
Interleavedでもそうでなくてもいける?

②データタイプ
DNAかアミノ酸配列か
取説では”データタイプはパラメーターの数によって特定されます、DNAなら9,AAなら8”と書いてあるが、
例ではDNA:0,AA:1になってる

③配列のフォーマット
interleaved:i
sequencial:s

ちなみにinterleaved とは
名前1 配列1
名前2 配列2
名前3 配列3

名前1 配列1の続き
名前2 配列2の続き
名前3 配列3の続き

名前1 配列1の続き
名前2 配列2の続き
名前3 配列3の続き

という感じでsequencialは
名前1 配列1
配列1の続き
名前2 配列2
配列2の続き
名前3 配列3
配列3の続き

④データセット数
異なる種類のデータセットを同一のファイルにおさめて次々と解析できるらしい?

⑤ブートストラップのデータセットの数
ブートストラップ時のpseudosamplingの数?

⑥置換モデル
DNA 配列
デフォルト: HKY85 (Hasegawa et al., 1985).
他のモデル JC69 (Jukes and Cantor, 1969), K80 (Kimura, 1980), F81 (Felsenstein, 1981), F84 (Felsenstein, 1989), TN93 (Tamura and Nei, 1993) and GTR (e.g., Lanave et al. 1984, Tavaré 1986, Rodriguez et al. 1990). The rate matrices of these models are given in Swofford et al. (1996).
アミノ酸配列
デフォルト JTT (Jones, Taylor and Thornton, 1992).
他のモデルDayhoff (Dayhoff et al., 1978), mtREV (as implemented in Yang's PAML), WAG (Whelan and Goldman, 2001), DCMut (Kosiol and Goldman, 2005), RtREV (Dimmic et al.), CpREV (Adachi et al., 2000) VT (Muller and Vingron, 2000), Blosum62 (Henikoff anf Henikoff, 1992) and MtMam (Cao, 1998).

⑦Transition / transversion 比
JC69,F81以外は指定する必要がある。
数:指定した値を使って距離の推定をする
e:実際のデータより推定する。値を指定したときよりも時間がかかる

⑧invariableサイトの割合
置換の起こらないサイトの事?デフォルトでは0で、実際に指定するときは0から1の間の数を使う
eを入力すると実際のデータから推定する

⑨置換率のカテゴリーの数
discrate gamma modelで必要になる。デフォルトでは一様(だから1)

⑩ガンマ分布のパラメーター
discrate gamma modelで必要になる。ガンマ分布のshape parameter
eを入力すると実際のデータから推定する

⑪初期のtree
デフォルトではBIONJ distance-based treeを使う
指定したいtreeがあるときは別ファイルにNEWICK formatでtreeを書いて、phyMLの実行ファイルがあるフォルダに入れておく。
コマンドラインでtreeファイルの名前を指定する

⑫最適化treeのオプション