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blastをコマンドラインで走らせる

用意するもの
blast
  • queryファイル(fasta形式)
データベース中の配列と相同性があるかを検索したいファイル


  • データベースの配列
データベースファイル(fasta形式)
相同性があるかを調べたい配列のリスト。
この配列を用いてデータベースを作成し、queryファイルに対して相同性検索を行う
データベースは自前で用意する事も出来るし、web上のもの使う事が出来る

①データベースファイルを整形してデータベースを作る
./formatdb -i データベースファイル -n データベース名(好きに決めて良い) -p T
 ”-p” 核酸データのときはF、アミノ酸データのときはTを入れる

②作ったデータベースを用いて相同性検索を行う
./blastall -p blastn -d データベース名(webまたは①で作ったもの) -i queryファイル名 -e e値の上限 -m 0 -o 出力ファイル名(好きに決めて良い)
 ”-p” blastn(核酸)またはblastp(アミノ酸)
 ”-m” 結果の表示に関わるオプション
   デフォルトは0
   アライメントの結果を表示したくない場合は8または9にする
   (この二つは結果をテーブルで表示してくれる)
   8だと各欄が何か分からないので初心者は9推奨


もしゲノム中に特定の配列があるかを調べたいときは、ゲノム配列がデータベース、特定の配列がqueryになる