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コマンドが長すぎるとおこられるみたい。そのときはxargsを使いましょう
[mv]
find ./ -name "ファイルの名前" -print0 | xargs -0 -I {} mv {} ./ファイルの格納先

例;find ./ -name "10C2G3R0C0.001L100_1*.fas" -print0 | xargs -0 -I {} mv {} ./10C2G3R0C0.001L100

[rm]
find . -name "ファイルの名前" -print0|xargs -0 rm

例;find . -name "1C2G2R0C0.01L100*B0.phy_phyml_lk.txt" -print0|xargs -0 rm